以下の状態になると恐らく不具合が起きるので注意。

カチュアとヴァイスが仲間にいない状態で54名にし、ワールドを使用し、チャプター1でカチュアとヴァイスをゲストキャラで仲間にする。
フォルカス、システィーナ、バイアンが仲間にいない状態で53名にし、チャプター2で3名をゲストキャラで仲間にする。

よくわからない人は自軍にカチュア、ヴァイス、フォルカス、システィーナ、バイアンがいない状態だと53名までにしておけばOK。